組織・事務分掌は、次のとおりで、展示解説・監視や警備・機器管理等の庁舎管理業務は委託で対応した。(2012年6月1日現在 館職員23名 » スタッフ紹介はこちら)

- 特別館長 東 洋一
- 館長 竹内 利寿
- 利用サービス室長
- 室員 7名(室長、事務 3名、嘱託 3名)
- 予算の編成
- 予算の執行および決算
- 歳入事務
- 施設財産管理
- 諸給与・手当事務
- 営業推進課長
- 課員2名(事務1名、嘱託1名)、兼務3名(古生物2名、学芸員1名)
- 営業の企画・推進
- 恐竜ブランドの推進
- 恐竜キッズランド構想
- 企業とのコラボ、恐竜商品開発
- 教育普及事業の企画運営
- 館のHP・システムに関すること
- 学芸・研究系
- 館員 10名(古生物 8名、教員 1名、学芸員 1名、嘱託 1名)
- 常設展示の運営管理
- 文献、資料の収集、保管
- 各種刊行物の出版
- 専門分野の調査研究
- 専門分野の展示企画
