組織・事務分掌は、次のとおりで、展示解説・監視や警備・機器管理等の庁舎管理業務は委託で対応した。（2012年6月1日現在　館職員23名　» スタッフ紹介はこちら）

特別館長　東　洋一

館長　竹内 利寿

利用サービス室長

室員 7名（室長、事務 3名、嘱託 3名）

• 予算の編成
• 予算の執行および決算
• 歳入事務
• 施設財産管理
• 諸給与・手当事務

営業推進課長

課員2名（事務1名、嘱託1名）、兼務3名（古生物2名、学芸員1名）

• 営業の企画・推進
• 恐竜ブランドの推進
• 恐竜キッズランド構想
• 企業とのコラボ、恐竜商品開発
• 教育普及事業の企画運営
• 館のＨＰ・システムに関すること

学芸・研究系

館員 10名（古生物 8名、教員 1名、学芸員 1名、嘱託 1名）

• 常設展示の運営管理
• 文献、資料の収集、保管
• 各種刊行物の出版
• 専門分野の調査研究
• 専門分野の展示企画